امر آن جناب در علم و فضل و زهد و عبادت و تحقیق و تبحر و جلالت قدر و کرامت بلکه در جمیع کمالات و فضائل اشهر از آنست که ذکر گردد.
صاحب روضات الجنات در وصف آن جناب گفته: نزدیک است که در تخلق به اخلاق تالی تلو معصوم علیهم السلام (از نظر رتبه و درجه پشت سر معصوم و در ردیف بعد از آنها) بوده باشد. آن بزرگوار در بعلبک اقامت نمود و در مذاهب خمسه درس می‌فرمود، وصیت علمش مشهور گردید و مرجع انام و مفتی هر فرقه گردید و بعد از ۵ سال به جبع برگشت و در بلد خویش به تدریس و تصنیف مشغول گردید و نخستین مصنفات آن جناب روض و آخرش روضه است که در مدت شش ماه و شش روز تألیف فرموده و از عجیب امر آن بزرگوار آن بود که قلم را که به دوات میزد یکدفعه با آن بیست تا سی سطر می نوشت آن وقت دیگر باره به مرکب می زد دو هزار عدد کتاب از آن جناب باقی ماند که دویست جلد از آنها به خط خودش بود.
شب‌ها که داخل می‌شد حماری برمی‌داشت و بیرون می‌رفت و برای تأمین مخارج عیال خویش هیزم نقل می‌کرد و نماز صبح را در مسجد می‌گذاشت و مشغول به تدریس و بحث می‌گردید مانند دریایی بی پایان بود و غالب اوقات خائف و ترسان و از منافقان و دشمنان پنهان بود در سنه ۹۶۵ دو نفر نزد شیخ به مرافعه آمدند شیخ به نفع یکی حکم فرمود، آن شخص محکوم علیه بر شیخ غضب کرد و نزد قاضی صیدا رفت و از شیخ سعایت کرد.
قاضی کسی را به طلب شیخ فرستاد، بعضی از اهل بلد گفتند که مدتی است شیخ مسافرت کرده است و شیخ در آن وقت از مردم کناره گرفته و مشغول تألیف شرح لمعه بود، پس به خاطر شیخ گذشت که به حج مشرف شود، پس در محمل روپوش دار که کسی او را نبیند و شناخته نشود به قصد حج حرکت کرد.
قاضی صیدا به سلطان نوشت که در بلاد شام مردی پیدا شده از اهل بدعت و خارج از مذاهب اربعه سنت، سلطان، سلیمان رستم پاشا را به طلب شیخ فرستاد و گفت: او را زنده می‌آوری تا با علمای اینجا مباحثه کند و علما بر مذهب او مطلع شوند تا آنچه مذهب ما اقتضا دارد بدان نحو با او عمل کنیم پس آن شخص آمد و از او استفسار نمود گفتند: او به مکه رفته است، پس در طلب او روان شد و در اثنای راه مکه به او رسید.
آن جناب فرمود: با من باش تا من حج بجای آورم از آن پس هر چه می‌خواهی بکن. آن شخص راضی شد، پس چون از حج فراغت یافت او را به روم «ترکیه فعلی» برد.
در روم شخصی به آن مأمور گفت که این چه کسی است که با توست. گفت : او مردی است از علماء شیعه امامیه که می‌خواهم او را به نزد سلطان ببرم. آن شخص گفت: تو در اثناء راه نسبت به او تقصیر خدمت کرده‌ای و آزارش نموده‌ای بترس از این که او به پادشاه از تو شکایت کند و یارانی هم در آنجا دارد آنها هم به او کمک می نمایند، پس باعث هلاک تو خواهد شد، پس بهتر آن است که سرش را جدا کنی و به نزد سلطان ببری ، آن مأمور ملعون در کنار دریا آن جناب را شهید کرد.
جماعتی از ترکمانان در آنجا بودند در آن شب دیدند که نورها از آسمان به آن مکان نزول می نماید و بالا می رود پس ترکمان‌ها آن بدن طیب را در آن مکان مدفون ساختند و قبه‌ای بر روی آن بنا کردند. پس چون قاتل آن سر مبارک را به نزد سلطان رسانید سلطان از کشتن او ناراحت شد، گفت: من امر کرده بودم تو را که او را زنده بیاوری چرا او را کشتی سید عبدالرحیم عباسی که با شیخ دوستی داشت سعی در قتل آن ملعون نمود پس سلطان او را کشت.
شیخ بهایی علیه الرحمه نقل کرده که خبر داد مرا پدرم که روزی وارد شدم بر شیخ خود شهید ثانی و او را متفکر دیدم. سبب تفکر پرسیدم: فرمود: ای برادر گمان می‌کنم که من دومین شهید باشم زیرا که شب گذشته در خواب دیدم که سید مرتضی علم الهدی عده‌ای از علمای امامیه را مهمان نموده چون من وارد شدم سید به من فرمود: ای فلان بنشین پهلوی شهید اول ، پس من در کنار شهید اول نشستم. این خواب دلالت دارد که من شهید بعد از شهید اول خواهم بود کرامات زیاد و ارزنده‌ای از آن بزرگوار سر زده که مقام را گنجایش درج آنها نیست.
در روضات الجنات نوشته که آن بزرگوار در سفرش از دمشق به صمر، به منزله رمله که در آن جا مسجدی بود که در آن قبور بعضی از انبیاء بود رسید پس به قصد زیارت تشریف برد چون شب بود و در مسجد قفل بود، شیخ دست خود را به قفل گذاشت و کشید، قفل باز شد. پس وارد شد و مشغول دعا و نماز گشت آن چنانکه قافله حرکت کرد و رفت و شیخ همچنان آن مکان مقدس را غنیمت شمرده به عبادت پروردگار عالم مشغول بود.
پس از مدتی بلند شده به شهر آمد متوجه شد که قافله رفته و او جای مانده است، پس متحیر و سرگردان مانده بود که چه کار کند ناچار شروع کرد به راه رفتن، با آنکه قدرت راه رفتن هم نداشت مقداری که راه رفت سخت خسته شد، پس در این هنگامی‌که زیاد ناراحت بود، ناگهان دید مردی که سوار بر استری بود از راه رسید به شیخ گفت: بیا با من سوار شو، شیخ سوار شد او مثل برق حرکت کرد، چندان نکشید که به قافله رسید شیخ را پیاده کرد و گفت: برو به همراهانت برس. شیخ می‌گوید: من هر چه نگاه کردم که دوباره او را ببینم ممکنم نشد.
